1 克隆PCR产品的最优条件是什么?????
最佳插入片断:载体比需实验确定。。1:1(插入片断:载体)常为最佳比,,摩尔数比1:8或8:1也行。。应测定比值规模。。毗连用5ul 2X毗连液, 50ng质粒DNA,1Weiss单位的T4毗连酶,,插入片断共10ul。。室温保温1小时,,或4℃住宿。。在这2种温度下,,缺T-凸出端的载体会自连,,爆发蓝斑。。室温保温1小时能知足大大都克隆要求,,为提高毗连效率,,需4℃住宿。。
2 PCR产品是否需要用凝胶纯化?????
如凝胶剖析扩增产品只有一条带,,不需要用凝胶纯化。。如可见其他杂带,,可能是积累了大宗引物的二聚体。。少量的引物二聚体的摩尔数也很高,,这会爆发高比例的带有引物二聚体的克隆,,而非目的插入片断。。为此需在克隆前做凝胶纯化。。
3 若是没有接纳到目的片断,,还需要作什么比照实验?????
A)涂布未转化的感受态细胞。。
若有菌落,,批注氨苄失效,,或污染上带有氨苄抗型的质粒,,或爆发氨苄抗型的菌落。。
B)转化完整质粒,,盘算菌落生长数,,测定转化效率。。
例如,,将1ug/ul质粒1:100稀释,1ul用于100ul感受态细胞转化。。用SOC稀释到1000ul后,,用100ul铺板。。作育住宿,,爆发1000个菌落。。转化率为: 爆发菌落的总数/铺板DNA的总量。。
铺板DNA的总量是转化反应所用的量除以稀释倍数。。详细而言转化用10ng DNA,,用SOC稀释到1000u后含10 ngDNA,,用1/10铺板,,共用1 ng DNA。。转化率为:
1000克隆X10(3次方) ng /铺板1 ng DNA ug=10(6次方)cfu/ ug
转化pGEM-T应用10(8次方)cfu/ ug感受态细胞
如没有菌落或少有菌落,,感受态细胞的转化率太低。。
C)如用pGEM-T正比照,,或PCR产品,,爆发>20-40蓝斑(用指定办法10(8次方)cfu/ ug感受态细胞),,批注载体失去T。?????赡苁桥连酶污染了核酸酶。。T4 DNA毗连酶(M1801,,M1804,,M1794)质量标准好无核酸酶污染,,不应用其它泉源的T4 DNA毗连酶替换。。
D)用pGEM-T或pGEM-T Easy载体,,毗连pGEM-T正比照,,转化高频率感受态细胞(10(8次方)cfu/ug),凭证指定的实验办法,,可得100个菌落,,其中60%应为白斑,,如爆发>20-40蓝斑, 没有菌落或少有菌落,,毗连有问题。。
4 比照实验效果好,,却没有接纳到目的片断,,实验出了什么问题?????
A)毗连用室温保温1小时,,能知足大大都克隆。,为提高效率,,需4℃住宿。。
B)插入片断带有污染,,使3`-T缺失,,或抑制毗连,,抑制转化。。为此,,将插入片断和pGEM-T正比照混淆,,再毗连。。如降低了比照的菌落数,,插入片断需纯化,,或重新制备。。如爆发大宗的蓝斑,,插入片断污染有核酸酶,,使pGEM-T或pGEM-T Easy载体3`-T缺失。。
C)插入片断不适于毗连。。用凝胶纯化的插入片断,,因受UV太过照射,,时有爆发。。UV太过照射会爆发嘧啶二聚体,,倒运于毗连,,DNA必需重新纯化。。
D)带有修复功效的耐热DNA聚合酶的扩增产品最后无A,,后者是pGEM-T或pGEM-T Easy载体克隆所需。。加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在最后加A。。详情查pGEM-T pGEM-T Easy载体手艺资料(TM042)。。
E)高度重复序列可能会不稳固,,在扩增中爆发缺失和重排,,如发明插入片断高频率地爆发缺失和重排,,需用重组缺陷大肠杆菌菌株,,如SURE细胞